La parroquia San Francisco de Novillo posee un rango altitudinal entre los 160 m.s.n.m. hasta los 460 m.s.n.m., lo que implica la presencia de los climas: megatérmico húmedo con pequeño déficit de agua, megatérmico húmedo sin déficit de agua y megatérmico subhúmedo con moderado déficit de agua en época seca.
El clima cálido o megatérmico húmedo, se encuentra en la parte baja de la cordillera occidental de los Andes. Su elevación varía de 0 a 100 msnm en el sur del país y de 100 a 500 msnm en el norte. Posee una temperatura media actual entre 23°C y 27 °C, a esta región corresponden parte de las provincias de Esmeraldas, Santo Domingo de los Tsáchilas, Manabí, Los Ríos y la parte este de la provincia del Cañar.
La lluvia total anual varía generalmente entre 1.000 y 2.000 mm, pero puede alcanzar localmente valores superiores en las bajas estribaciones de la cordillera. Las lluvias se concentran en un periodo único, de diciembre a mayo, siendo el clima seco el resto del año. La humedad relativa varía entre 70 y 90% según la época.
El clima cálido o megatérmico subhúmedo, comprende desde el norte del perfil costero de las provincias de Esmeraldas, Manabí hasta el sur en las provincias del Guayas y El Oro.
Su altitud varía entre los 60 a 400 msnm. Su temperatura media anual oscila entre 25°C y 28°C. Posee una humedad relativa media entre 68°C y 79 %.